Wenn man einmal genau darüber nachdenkt, dann ist der Kanon wesentlich kleiner, als die Personen glauben, die mit dem Begriff um sich werfen. Kanon beschränkt sich auf ausschließlich auf die Primärquelle, also das offizielle Werk. Besonders in Autorengruppen betrifft es das, was die Autoren wissen müssen, um die Handlung voranzubringen.
Fanon hingegen ist eine Kontraktion aus Fan und Kanon und bildet die Masse an Theorien über die Primärquelle, die während sie vielleicht "offensichtlich" oder die "einzig mögliche" Interpretation von kanonischen Fakten darstellen — nicht Teil des Kanons sind. Gelegentlich sind diese Erklärungen sogar gut genug, um als "gesunder Menschenverstand" zu gelten. Dennoch bleibt die Crux, dass jemand, der laut „Die Episode war furchtbar, weil sie den Kanon verletzt“ ruft, meistens Unrecht hat.
Fanon füllt Löcher, welche die Autoren eventuell sogar vorsätzlich als Stoff für spätere Geschichten dort gelassen haben. Zusätzlich kann Fanon aus Fakten heraus entstehen, die ihrerseits aus einer populären aber nicht-kanonischen Quelle stammen. Da viele Fans ihren eigenen Fanon mit Kanon verwechseln tendieren sie zu Überreaktionen, wenn neue Fakten hinzukommen welche dem Kanon nicht notwendigerweise widersprechen, dafür aber Annahmen ungültig machen, die zuvor als offensichtlich akzeptiert waren. Viele Beispiele für einen Retcon und Continuity Drift, die als Kanon-Verletzung bezeichnet werden, widersprechen lediglich explizit dem Fanon.
Populäre Themen für Fanon sind Charakterhintergründe, vollständige Namen von Charakteren mit No Name Given, womit Charaktere ihr Geld verdienen und natürlich Shipping eine ganz eigene Welt.
Da viele Autoren im dem Expanded Universe der Serie selbst Fans sind, taucht Fanon nicht selten auch dort auf. Und wenn diese Autoren anfangen, selbst für die Show zu schreiben, kann Fanon durchaus zu Kanon werden. Auch eine Art von Memetischer Mutation innerhalb des Fandom ist möglich.
Fanon beruft sich ebenfalls häufig auf andere offizielle Quellen. Fernseh- und Filmdrehbücher sind eine ständige Quelle von Fanon-Material. Star Treks Captain Kirk zum Beispiel hat eine mittlere Initiale ('T.') Sein zweiter Vorname ("Tiberius") war "Fanon", bis dieser kanonisch im 6. Star Trek Film genannt wurde. Dieses Beispiel ist jedoch etwas grenzwertig, je nach Deutung kann es Fanon oder deuterokanonisch sein.
Warnung: Fanon und Informationen als Fanon zu bezichtigen sind klassische Auslöser von Internet Backdraft. Oft haben Fans eine andere Auslegung des Quellmaterials auch wenn ihre Theorie gleichsam Opfer von Schrodingers Gun werden kann.
Vergleiche Broad Strokes, wo die Ereignisse einer Geschichte beiläufig erwähnt werden, aber nichts als "offiziell passiert" angenommen wird.
