Troisième lot de jeux de la série Pokémon, Pokémon Rubis et Pokémon Saphir sont sortis sur Game Boy Advance, suivis par Pokémon Émeraude quelques années plus tard. Avec Pokémon Rouge Feu, Pokémon Vert Feuille, Pokémon Colosseum et Pokemon XD, ils sont collectivement connus comme la Génération III de la série. En plus d'introduire une nouvelle histoire et une nouvelle région à explorer, Rubis et Saphir ont introduit de nombreuses mécaniques de jeu, telles que les natures et Capacités Spéciales individuelles pour chaque Pokémon, les combats en duo, et les Concours Pokémon. En plus d'une refonte graphique massive, ces jeux disposaient d'une toute nouvelle structure de données, les rendant incompatibles avec les deux générations précédentes.
L'histoire prend place à Hoenn, inspiré de la région Kyushu du Japon. Elle démarre alors que le joueur emménage dans sa nouvelle maison à Bourg-en-Vol, et sauve le Professeur Pokémon local, le Prof. Seko, d'un Pokémon sauvage. En guise de remerciement, il offre au joueur leur propre Pokémon, l'encourageant à partir voyager à travers la région et à enregistrer autant de données que possible sur les Pokémon d'Hoenn, comme le fait votre rival Brice/Floranote .
Durant leur quête pour devenir le meilleur dresseur, le joueur fait la connaissance de deux organisations criminelles, la Team Aqua et la Team Magma. La première désire provoquer un déluge, tandis que la seconde vise à assécher la planète. Les joueurs de Rubis s'allient à la Team Aqua pour empêcher la Team Magma de réveiller Groudon, tandis que les joueurs de Saphir aident la Team Magma à endiguer les plans de la Team Aqua pour ranimer Kyogre. Émeraude présente les deux organisations dans un rôle d'antagonistes, et le joueur doit faire appel à Rayquaza pour mettre fin au chaos provoqué par celles-ci.
Ces jeux sont potentiellement le cas le plus flagrant d'Un Jeu Pour le Prix de Deux de toute la franchise ; il est impossible de légitimement obtenir l'ensemble des 386 Pokémon sans recourir à Rouge Feu, Vert Feuille, Colosseum, et XD. En effet, le Câble Link de la Game Boy Advance est incompatible avec la Game Boy Color, ce qui, couplé avec la refonte de la structure de données, empêche tout échange entre Or/Argent/Cristal et Rubis/Saphir/Émeraude. Les remakes de Rouge et Bleu permettent d'obtenir les 150 Pokémon de Kanto ainsi que quelques-uns de Johto, et Colosseum et XD en contiennent plusieurs de chacune des trois régions ; combinés, ces jeux comprennent l'ensemble des Pokémon, à l'exception de ceux exclusifs à des événements spéciaux. Probablement sas coïncidence, cette génération fut la première à abandonner le slogan "Attrapez-Les Tous".
En 2014 furent annoncés des remakes de Rubis et Saphir pour la Nintendo 3 DS, sous le nom de Pokémon Rubis Oméga et Pokémon Saphir Alpha. Ils sortirent le 21 novembre 2014, soit exactement douze ans après la date de sortie des jeux originaux. Groudon et Kyogre y acquièrent de toutes nouvelles "Primo-Résurgences", lesquelles sont représentées sur la jaquette de leur jeu respectif. D'autres Pokémon obtiennent des Méga-Évolutions, de nombreuses fonctionnalités ont été ajoutées ou améliorées, et un nouveau scénario a été ajouté après la fin du jeu, dénommé "Épisode Delta". Ces jeux font partie de la Génération VI des jeux Pokémon, et sont donc compatibles avec Pokémon X et Y.
- L'Apocalypse Pour Les Nuls : Groudon et Kyogre provoquent une Perturbation Régionale, mais celle-ci risque d'évoluer en une Extinction Totale si elle se poursuit, Groudon provoquant une intense sécheresse à même de provoquer une désertification, et Kyogre un déluge pouvant à terme empêcher la survie de toutes les espèces non-aquatiques.
- La Console Triche :
- Alizée utilise un Altaria de niveau 33 possédant l'attaque Danse Draco, qu'il ne peut normalement apprendre qu'au niveau 40. Qui plus est, Tylton n'évolue en Altaria qu'à partir du niveau 35.
- Lors de leur premier combat contre eux, Arthur et Max possèdent respectivement un Sharpedo et un Camérupt, à un niveau bien inférieur à celui à partir duquel leurs pré-évolutions respectives peuvent évoluer.
- Réédition Améliorée : Comme pour les deux générations précédentes, une troisième version nommée Pokémon Émeraude vit le jour, combinant le scénario de Rubis et Saphir pour que le joueur affronte à la fois la Team Aqua et la Team Magma. Rayquaza joue désormais un rôle plus important en interrompant le combat entre Kyogre et Groudon, et de nouvelles fonctionnalités font leur apparition, notamment la Zone de Combat. Étrangement, l'ensemble de ces ajouts et révisions est absent des remakes Rubis Oméga et Saphir Alpha.
- L'Apocalypse Pour Les Nuls : En plus des désastres provoqués par Groudon et Kyogre, l'Épisode Delta met en scène un météore d'une dizaine de kilomètres de long menaçant d'anéantir la planète.
- Clin d'Œil : Bastien mentionne qu'il a "découvert le secret de la vraie puissance en fixant un Nautile pendant des jours et des jours".
- La Console Triche :
- Tout comme dans l'original, le Sharpedo d'Arthur et le Camérupt de Max lors de leur premier affrontement sont à un niveau bien plus bas qu'ils ne devraient pouvoir l'être.
- Vos alliés à la Maison de Combat sont conscients des Talents des Pokémon adverses ; ainsi, ils n'utiliseront jamais une attaque Électrique sur un Pokémon avec Absorb Volt où une attaque Eau sur un Pokémon doté de Lavabo.
- Fusil de Tchekhov : La météorite obtenue durant l'histoire principale s'avère permettre à Rayquaza de méga-évoluer afin de pouvoir aller dans l'espace et détruire l'astéroïde durant l'Épisode Delta.
- Mème Promu : Bastien, le second Champion d'Arène, déclare avoir "découvert le secret de la vraie puissance en fixant un Nautile pendant des jours et des jours", en référence à l'obsession de Twitch Plays Pokémon à constamment "consulter" le Fossile Nautile.
- Potentiel de Bienveillance des Jeux Vidéo :
- La Poké-Récré fait on retour dans ce jeu, et permet de câliner, nourrir, et jouer avec ses Pokémon. À partir d'un certain niveau d'affection, cela peut leur octroyer des bonus en combat.
- Le Pokémon d'un Dresseur sur l'une des premières routes du jeu est blessé. Il est possible de lui offrir une Potion pour le soigner, sans rien en retour.
